A zsidók gazdasági ellehetetlenítése az 1942-es, úgynevezett negyedik zsidótörvénnyel folytatódott (1942. évi XV. tc.), amely kötelezte őket, hogy összes mező- és erdőgazdasági ingatlanjukat adják át az államnak, valamint megtiltotta, hogy a későbbiekben ilyen ingatlanokat vásároljanak.

1944. március 19-e után a magyarországi zsidók helyzete fordulóponthoz ért. Horthy Miklós kormányzó Baky Lászlót és Endre Lászlót nevezte ki államtitkárrá, akik Adolf Eichmann-nal egyeztetve megkezdték a magyar zsidóság deportálásának előkészítését. A kormány 1944. március 31-én elrendelte, hogy minden hatodik életévét betöltött zsidónak 10×10 cm átmérőjű sárga hatágú csillagot kell viselnie felső ruháján. A jegygyűrűktől kezdve az ingatlanokig minden értéküket összeírták, zárolták, s a hatóságok e javakat raktárakban, illetve több helyen a zsinagógákban halmozták fel.

1945. április 28-án jelent meg a hivatalos gettórendelet, az első gettókat azonban már április közepén felállították Kárpátalján a 6163/1944. BM VII. res. rendelet alapján. A gödöllői járás községeiből a zsidókat Gödöllőn, Rákoscsabán és Rákoskeresztúron kellett tömöríteni. Gödöllőn végül a rendelkezés ellenére nem építettek ki gettót. A gödöllői zsidókat 1944. június 12-én Deutsch Mór bankár házának udvarán gyűjtötték össze, ahonnét motozás és értékeik elvétele után a szadai és környékbeli falvak zsidóival együtt még aznap Hatvanba, a cukorgyárban létrehozott gyűjtőtáborba vitték őket.

Gödöllőn a „zsidók által hátrahagyott” javak kezelésére gyűjtőállomást hoztak létre és megkezdődött az ingatlanok és ingóságok leltározása, bejelentése, értékesítése és kisajátítása.

1945-ben, a háború végén mindössze két gödöllői zsidó döntött úgy, hogy továbbra is Gödöllőn marad. Néhány gödöllői túlélő később külföldre költözött, többen Budapesten kezdtek új életet. A gödöllői zsinagógát az 1950-es években lebontották, helyére óvodát építettek. A helyi zsidó élet egyetlen emléke a Fürdő utcában ma is létező izraelita temető volt.